L’impianto museografico si sviluppa su più livelli: l’area degli scavi e l’area soprastante gli scavi, il piano della chiesa e la sala della Buona Morte, con la saletta attigua.

L’area della chiesa è suddivisa in più aree funzionali: area dell’accoglienza e del Museum-shop (navata laterale), sala proiezione video (abside piccola), area espositiva (sacrestia/campanile e abside maggiore).

La Sala della Buona Morte è anch’essa suddivisa in tre aree funzionali: un’area espositiva (fino all’altezza della prima finestra del lato Nord), un’area attrezzata per laboratori e didattica (fino all’altezza della seconda finestra sul lato Nord) e un’area espositiva dedicata alle esposizioni temporanee. Quest’ultima occupa il settore prospiciente l’ascensore, in modo tale da consentire un accesso diretto a quanti abbiano già visitato il Museo. L’area espositiva continua nel piccolo ambiente posto di fronte alla Sala della Buona Morte.

L’area degli scavi e l’area soprastante gli scavi: aree espositive.