Dal mese di aprile 2017, poco dopo l’inaugurazione del nuovo allestimento avvenuta l’11 Marzo 2017, un Bando del Comune di Monselice affida la Gestione del Museo all’Associazione Monselicense “Amici dei Musei” fino al dicembre 2018.

Dal 1° febbraio 2019 fino al 31 dicembre 2020 la Gestione del Sanpaolo Museo della Città è affidata all’Associazione culturale LAPIS – Archeologia, Storia, Arte, Ricerca risultata vincitrice della manifestazione di interessa bandita dalla città di Monselice.

Dall’8 marzo 2025, un nuovo Bando del Comune di Monselice affida la Gestione del Museo all’Associazione Pro Loco di Monselice APS la cui Presidente è Marigrazia Canazza. Quest’ultima, avvalendosi dei numerosi volontari e ai volenterosi giovani del luogo gestisce le aperture, le visite guidate e gli eventi presso il Museo, in accordo con il volere del Comune.