Dopo la Seconda guerra mondiale la millenaria Chiesa di San Paolo, seppur in precarie condizioni, è ancora adibita a luogo di culto. Nel 1956, quando è ormai certa la costruzione del nuovo Duomo, essa viene svuotata dei suoi altari, di ogni arredo sacro e venduta al Comune con la raccomandazione di destinarla a scopi culturali.

L’Amministrazione comunale decide di utilizzarla come Auditorium, provvedendo al consolidamento della facciata, al rifacimento di alcuni tratti di muratura e alla sistemazione del pavimento. Nonostante l’applicazione di pannelli di correzione, l’edificio risulta avere una cattiva acustica e dopo qualche anno viene abbandonato. Nel corso dei quarant’anni successivi si susseguono molti progetti di restauro e valorizzazione della Chiesa e delle sue adiacenze, ma la vera svolta si ha nel 2000 quando, grazie agli scavi coordinati dalla Soprintendenza archeologica, vengono definitivamente messe in luce le strutture primitive della Chiesa, risalenti all’alto-medioevo, e si consolidano le conoscenze sulla storia antica della Città.

Tra il 2002 e il 2008, infatti, alcuni cantieri archeologici, frutto a volte di interventi di emergenza, permettono di ricostruire l’evoluzione e le peculiarità dell’insediamento urbano dalla preistoria fino all’alto-medioevo e oltre. I tempi sono ormai maturi perché Monselice abbia un proprio Museo volendo custodire il patrimonio archeologico già in deposito e che stava emergendo.

Nel 2006 l’Amministrazione comunale provvede al definitivo restauro della Chiesa e al suo parziale allestimento, rendendola completamente accessibile grazie alla costruzione dell’ascensore e di un sistema di passerelle e montacarichi. Nel 2013, con un finanziamento del GAL Patavino, si rimette mano all’allestimento trasformando la San Paolo nel Museo della Città, inaugurato nel 2017.

Contemporaneamente viene ricollocato nella sua sede originaria, cioè nella cripta, l’affresco di San Francesco d’Assisi, databile circa alla metà del XIII secolo. Al di là della modesta qualità artistica (probabilmente opera di un pittore locale), esso costituisce un documento iconografico importante per la precocità temporale dell’esecuzione, vicina alla canonizzazione papale del Poverello d’Assisi (1228). In più la tradizione popolare narrava di un suo passaggio qui a Monselice, rammentato dall’incisione del TAU all’entrata del convento sorto su un ‘locus’ francescano già presente tra la fine degli anni Venti e l’inizio degli anni Trenta, accanto al quale, nella seconda metà del Duecento, venne edificata la Chiesa votata a Santa Maria ‘Mater Dei’.